Если у вас приложения используют разные API Key, то вы можете воспользоваться Logs API (Экспортом данных) – выгрузить события обоих приложений и сравнить аудитории по appmetrica_device_id.

Если же оба приложения используют один API Key, то вы можете в отчете Аудитория отсегментировать пользователей, использующих оба приложения.

Как Дмитрий отметил выше, данный кейс можно решить, используя профили пользователей.

Примеры использования можно посмотреть тут:
Android: https://appmetrica.yandex.ru/doc/mobile-sdk-dg/concepts/android-operations-docpage/#statistics-sending
iOS: https://appmetrica.yandex.ru/doc/mobile-sdk-dg/concepts/ios-operations-docpage/#statistics-sending

Эта функциональность в таком виде не вписывается в концепцию отчета UA. 

В течение нескольких месяцев мы добавим отчеты по revenue-событиям, которые имеют атрибуты "Price" и "Quantity". В User Acquistion появится сумма revenue, посчитанная по ним. Возможно, вы сможете их использовать для решения вашей задачи.

Такую функциональность делать не планируем